Ο Tigh αναλαμβάνει τη διοίκηση του Galactica, μετά το σοβαρό τραυματισμό του Adama. Μία επίθεση των Cylon αναγκάζει το στόλο να κάνει έναν επικίνδυνο ελιγμό, ενώ ένας λάθος υπολογισμός απομονώνει το Galactica από τον υπόλοιπο στόλο.

Ο Adama είναι ακόμη στο χειρουργείο. Στο μεταξύ, οι κάτοικοι στον Kobol, ψάχνουν λύση αφού ανακάλυψαν ότι οι Cylons δημιούργησαν μια αντιαεροπορική μπαταρία, με την οποία σχεδιάζουν να καταστρέψουν όλα τα διασωστικά αεροσκάφη.

O Διοικητής συλλαμβάνεται ως πιθανός Cylon και μόνο o Gaius Balta μπορεί να αποδείξει την αθωότητά του. Ο Πρόεδρος με τη βοήθεια του Adama δραπετεύει από το Galactica και βρίσκει καταφύγιο στο Cloud 9.

O Adama ξαναγίνεται αρχηγός του στόλου. Δίνει εντολή να βρεθεί η Πρόεδρος μέχρι που η ίδια στέλνει μήνυμα, ενημερώνοντας ότι γνωρίζει πού βρίσκεται η Γη κι ότι θα αναλάβει να τους οδηγήσει εκεί.

Ο συνασπισμός της Προέδρου Roslin δοκιμάζεται ενώ ο Αdama συνεχίζει να αγωνίζεται μετά την προδοσία του γιου του. Oι Starbuck, Helo και Boomer επιστρέφουν από τον Caprica και εγκαθίστανται στον Kobol με σκοπό να βρουν τον τάφο της Αθηνάς.

O Adama μαζί με το στόλο κατευθύνεται προς τον Kobol για να βρει την Roslin και τους συμμάχους, σε αναζήτηση του τάφου της Αθηνάς ο οποίος σύμφωνα με τους ισχυρισμούς, οδηγεί στη Γη.

Μία δημοσιογράφος αναλαμβάνει αποστολή στο Galactica για να καταγράψει την σκληρή πραγματικότητα κατά τη διάρκεια της εμπόλεμης περιόδου. Η Lucy Lawless εμφανίζεταιστο ρόλο της δημοσιογράφου D'Anna Biers.

Η Sharon ενημερώνει τον Adama ότι οι υπολογιστές του Galactica έχουν μολυνθεί με έναν ιό, ο οποίος επηρρεάζει τις βασικές λειτουργίες του αεροσκάφους και ανιχνεύει πιθανές του αδυναμίες. Οι Cylons ετοιμάζονται για μεγάλη επίθεση.

Tο πλήρωμα του Galactica ενθουσιάζεται όταν συναντάει ένα άλλο διαστημόπλοιο με εναπομείναντες του ανθρώπινου είδους, το Mercury-class Pegasus. Ο ενθουσιασμός ξεφουσκώνει όταν ο ναύαρχος Cain γίνεται αρχηγός του στόλου.

Η Kara φτάνει στον Blackbird με φωτογραφίες του αεροσκάφους των Cylons. Παρά την ανακωχή μεταξύ του Adama και του Cain, η Roslin συνεχίζει να βλέπει τον Cain ως απειλή.

To Galactica και το Pegasus θα επιτεθούν κατά των Cylons. O Adama ορίζει την Kara επικεφαλής σε μια επικίνδυνη αποστολή. O Lee υπόσχεται να βοηθήσει την Kara αλλά δεν σκοπεύει να αγωνιστεί, ούτε καν για να σώσει την ίδια του τη ζωή.

H Πρόεδρος Roslin είναι στα πρόθυρα θανάτου και ο Gaius Balta πρέπει να είναι προετοιμασμένος. H Roslin δίνει εντολεί να θανατωθεί το αγέννητο παιδί της Sharon.

Ο νέος διοικητής του Pegasus, Jack Fisk, δολοφονείται από τους μαυραγορίτες. Ο Lee Adama πρόκειται να επιλύσει το έγκλημα. Η Roslin επιδιώκει να πατάξει τη μαύρη αγορά με την εισαγωγή νέων εμπορικών κανονισμών.

Ένας επιδρομέας των Cylons κάνει μια σειρά επιθέσεων ενάντια στον στόλο του Galactica. Οι πιλότοι του Viper πρέπει να υπερασπίσουν ένα ορυχείο, με το όνομα Scar, από τον επιδρομέα.

Μία γυναίκα παίρνει ομήρους στο Cloud 9 και απαιτεί από τον Adama να αλλάξει γνώμη στην Sharon προκειμένου να εκδικηθεί για τον θάνατο του άντρα της.

Το Apollo βοηθά στην αναζήτηση μιας ομάδας Raptor ενώ ο νέος διοικητής του Pegasus δείχνει να μην ξέρει πως να αντιδράσει.

Αφού η συνείδηση της Boomer μεταφέρεται μετά το θάνατό της σ' ένα νέο σώμα, αγωνίζεται έχοντας πλέον νέα ζωή ως Caprica. H Νumber Six είναι αυτή που θα βοηθήσει την Βοοmer να προσαρμοστεί στην κοινωνία των Cylons.

Ο Τyrol καταδιώκεται από τρομακτικά όνειρα και προσφεύγει σε έναν ιερέα. Η Roslin και ο Baltar πηγαίνουν σ' ένα προεδρικό ντιμπέιτ, το οποίο αλλάζει δραματικά εξαιτίας της ανακάλυψης ενός κατοικήσιμου πλανήτη.

Όταν ο Baltar κερδίζει την ψηφοφορία, η Roslin θεωρεί ότι έκλεψε για την εκλογή του, επειδή πιστεύει ότι είναι συνεργάτης των Cylons.