Μια ερευνητική ομάδα του Stargate αναγκάζεται να τραπεί σε φυγή όταν η μυστική τους βάση δέχεται επίθεση από άγνωστο εχθρό. Τελικά, προσαράζουν στο αρχαίο σκάφος Destiny, το οποίο βρίσκεται δισεκατομμύρια έτη φωτός μακριά από την Γη.

Τα άτομα που εκκενώνουν την περιοχή γύρω από τη βάση του Icarus ανακαλύπτουν ότι η καταστροφή του συστήματος ζωής και υποστήριξης του Destiny είναι θέμα ωρών.

Ο υπολοχαγός Scott και ο Dr. Rush ταξιδεύουν σ' έναν πλανήτη που αποτελείται μόνο από έρημο, για να εντοπίσουν ένα μετάλλευμα που είναι σημαντικό για την λειτουργία του συστήματος υποστήριξης του Destiny.

O Dr. Nicholas Rush προσπαθεί να ανακαλύψει γιατί τα αποθέματα ενέργειας του σκάφους είναι τόσο χαμηλά. Ο συνταγματάρχης Young διατάζει όλους να περιορίσουν την κατανάλωση ενέργειας.

Το πλήρωμα έχει πλησιάσει έναν από τους τρεις πλανήτες. Ο Colonel Young ανακοινώνει ότι μόνο 15 άτομα χωράνε στο shuttle και ότι θα γίνει κλήρωση για το ποιοι τελικά θα κατέβουν.

Για να ανανεώσουν τις προμήθειές τους, το πλήρωμα προσπαθεί να συλλέξει νερό από έναν αγωμένο πλανήτη. Ενώ ο Young και ο Scott συλλέγουν πάγο, ένα σμήνος από εξωγήινα όντα επιτίθενται σε ένα στρατιώτη και απειλούν το υπόλοιπο πλήρωμα.

Οι Αρχαίες πέτρες επικοινωνίας χρησιμοποιούνται σε ένα ριψοκίνδυνο πείραμα για να επιτρέψουν σε επιλεγμένα μέλη του πληρώματος να μεταβούν με τη συνείδησή τους στην πατρίδα, με την ελπίδα να μπορέσουν κάποτε να επιστρέψουν πραγματικά.

Σε μια αποστολή σε μια ζούγκλα, μια ομάδα βρίσκει ένα κινηματογράφο που δείχνει πλάνα τους τα οποία όμως δεν έχουν ακόμα κινηματογραφήσει.

Μερικοί από το πλήρωμα χρησιμοποιούν την αρχαία συσκευή επικοινωνίας μακρινής εμβέλειας για να καθυσηχάσουν τους αγαπημένους τους ότι είναι εντάξει.

Όταν ένας από το πλήρωμα γίνεται ο κύριος ύποπτος ενός εγκλήματος, οι άλλοι πρέπει να αποφασίσουν κατά πόσο είναι ένοχος.

Το πλήρωμα του Destiny ανακαλύπτει ένα κομμάτι αρχαίας τεχνολογίας που μεταφέρει τον Young σε ένα άγνωστο όχημα εξωγήινων.

Κάποιοι από τους πολίτες στο Destiny ξεκινάνε ανταρσία για να πάρουν τον έλεγχο του σκάφους από τους στρατιωτικούς.

Το Destiny σταματά κοντά σ' έναν πλανήτη πλούσιο σε τροφή και νερό. Όμως το ρολόι αντίστροφης μέτρησης έχει σταματήσει να λειτουργεί.

Την ώρα που κάνει πειράματα στον υπολογιστή του σκάφους, ο Rush επιστρέφει σε δύσκολες προσωπικές του στιγμές.

Ο Greer παγιδεύεται σ' έναν έρημο πλανήτη, ενώ ο Scott, ο Eli και η Chloe προσπαθούν να επιστρέψουν στο Destiny πριν αυτό φύγει από το γαλαξία.

Μετά από έκρηξη στο Destiny, το πλήρωμα καλεί έναν καταξιωμένο επιστήμονα από τη γη να βρει τη λύση.

Μια επιδημία προκαλεί στο πλήρωμα του Destiny οράματα με ανθρώπους από το παρελθόν τους.

Ο Rush πιστεύει ότι κάποιος από το Destiny είναι κατάσκοπος της Lucian Alliance.

Η Διοικητής της Lucian Alliance, Kiva καταφέρνει να επιβιβαστεί στο Destiny και να πάρει αρκετούς ομήρους.

Με τα περιθώρια του χρόνου να στενεύουν, καθώς οι λειτουργίες του σκάφους αχρηστεύονται η ομάδα της Young πρέπει να συνεργαστεί με την Kiva και τους άντρες της προκειμένου να σώσουν το διαστημόπλοιο πριν πεθάνουν όλοι.